すべての動物は、受精卵が卵割していくと、細胞でできた中空のボールである胚胞を形成する。後生動物では胚胞の一部が陥入し、開口部が1つある嚢胚を形成する。嚢胚形成後、細胞は2層（2胚葉）または3層（3胚葉）の組織に分化する。3層の場合、各組織層は外胚葉、中胚葉、内胚葉とよばれる。外胚葉は主に表皮、神経系に、中胚葉は主に筋肉に、内胚葉は主に消化管になる。
嚢胚形成時の陥入箇所、原口が後に消化管のどちらになるかは重要で、口になる旧口動物と、同じ陥入箇所が後に肛門になる新口動物の2つに分けられる。刺胞動物、有櫛動物と扁形動物では、原口から続く消化管の反対側に、新しい口が開かず、消化管は口以外の出入り口を持たない。
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また、外胚葉と内胚葉の間には接合していない部分が存在し、この空所を体腔と呼ぶ。この体腔は伝統的にその発達の度合いが進化の度合いを反映しているとして動物の門分類等で重要視されてきた。空所はあるが中胚葉の裏打ちがない場合を偽体腔と呼び、裏打ちのあるものを真体腔と呼ぶ。
発生からは分類や進化に関する知見が多く得られる。幼生の形も、分類群やそれらの間の類縁を示す場合があり、重要である。フジツボが甲殻類に含まれることがわかったときの決め手は、幼生がノープリウスであったことである。